从逻辑上可以将处理违法搭建的流程大致分为以下环节：界定——监管——认定——处罚——执行。界定是在一定位阶的规范性法律文件中对违法搭建作出权威的定义阐释，揭示其构成要件；认定是有关部门对是否在法律上属于违法搭建的裁量；处罚是有关部门对违法搭建行为进行行政处理的过程。监管是有关部门对整个建设过程的全方位渗透，规范、协调建设行为。
        违法搭建的认定问题十分重要，只有经过认定才能最终确定以建筑是否属于违法建筑、是实质违建还是程序违建，从而直接决定了应否处罚以及该苛以何种处罚。一旦某一建设行为被合法主体通过合法程序认定为违法搭建，则其违法性质得以正式的、有法律效力的且推定具有公定力的确立，并进而引发民法、行政法方面的法律效果，这对于社会关系和社会秩序将产生重大影响。
        目前我国法律体系中，对违法搭建认定体制未有明确表述和详细规定。具体实践中，各执法部门对此也并没有明确意识到认定体制的重要性，对认定主体、认定性质与效力、认定的程序以及救济等问题缺乏应有的重视。